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医師の確定申告と節税について【詳細解説】


1.医師は個人事業主として確定申告をする必要があるのか

医師の方が医療活動を行うことにより得る収入について、確定申告をする必要があるのでしょうか?まずはこの点について検討を行いたいと思います。

医師と一口に言っても、病院や診療所などに勤める場合や個人でクリニック等を経営する場合など、その働き方は多種多様です。確定申告が必要かどうかを判断するうえで、医師の方が得る収入が所得税法上どの所得に該当するかを考慮する必要があります。

例えば、勤務医で一か所の病院等のみから給与を受けており、その収入が2,000万円以下であり、なおかつ給与以外の所得金額が20万円以下である場合には、その所属する病院等で行われる年末調整で課税関係は完結するため、確定申告をする必要はありません。

一方、勤務医で上記確定申告が必要でないケースに該当しない場合や、開業医として個人で事業を行っている場合、病院等と業務委託契約を結び医療活動を行っている場合などは年末調整での対応が不可能となるため確定申告が必要となります。

また、一か所から給与のみを受けている場合であっても、あえて確定申告を行うことにより税制面で優遇され、有利になることもあります。すなわち、節税対策になります。確定申告を行うか否かの判断は、確定申告をすることが法律上義務付けられているか否かのみによらず、確定申告を行うことで優遇を受ける、節税することができるものがあるかを確認することも重要となってきます。

2.医師の労働形態と収入の取り扱い

医師には様々な働き方があります。大きくは「勤務医」「開業医」に分かれますが、それぞれのケースにおいて得る収入が所得税法上どの所得に該当するのかを見ていきましょう。

(1)勤務医で、給与として収入を得る場合

勤務医として病院や診療所と雇用契約を結ぶことにより、被雇用者として診療に従事している医師がその病院等から給与の支給を受けた場合、その収入は「給与所得」に該当することとなります。給与所得が一か所からのみであり、この給与が2,000万円以下であり、この給与のほかの所得が20万円以下である場合は確定申告をする義務はありません。

病院等に勤務医として勤めながらアルバイトをする、というケースは少なくないそうです。この場合、二か所から給与を受けているケースや、給与所得と事業所得があるケースに該当するため、確定申告が必要となります。

(2)勤務医で、病院との業務委託契約により収入を得る場合

勤務医の中には、複数の病院に勤めており、そのうちいくつかの病院とは雇用契約ではなく業務委託契約を結び医療行為を行っているという方もいらっしゃるかと思います。

業務委託により得る収入は、事業所得になるケースと、雑所得になるケースとに分かれます。事業所得に該当する場合は、青色申告書での申告や、赤字となったときに給与所得等の他の所得にその赤字分を充当すること(損益通算といいます)などができますが、雑所得の場合はこれらの恩恵を受けることができません。事業所得に該当するか雑所得に該当するかは、事業の規模や継続性、事業遂行のための投資の有無など、様々な観点から総合的に判断されることとなります。

例えば、講演会の講師を依頼された場合や、スポットで大きな業務をたまたま請け負った場合などは、継続性の観点から雑所得と判断される可能性が高くなります。継続的に業務を請け負う契約がある場合はほぼ間違いなく事業所得として認められますが、単発的に生じた収入に関しては所得の種類に十分注意する必要があります。

また、勤める病院等が一か所のみの場合、その病院と業務委託契約を結んでいても事業所得と認められずに給与所得であると判断される可能性が高くなります。

(3)開業医として個人で診療所等を経営している場合

開業医とは、みずから診療所等の経営をする医師をいいます。一般的には個人事業主を指す場合が多く、この記事においても個人事業主として言及していくこととします。自身の経営する診療所等で得た収入は事業所得に該当しますので、確定申告が必要となります。

3.医師の経費項目について

事業所得に該当する収入がある場合、その収入を得るために発生した経費を「必要経費」といいます。所得税の計算上、「収入」から「必要経費」を差し引いた残額が「所得」となり、この所得の部分に税率を乗じて所得税額を算出していくこととなります。必要経費が多ければ多いほど、所得の金額は低くなることとなり、連動して税額も低くなり節税が可能となります。したがって、必要経費をもれなく把握することは節税の上で重要であるといえます。
具体的にどういった支出が「必要経費」としてどのようなものが想定されるか、ご紹介いたします。

(1)開業医の場合

クリニック等を経営する場合、分野や規模により若干項目は変わってくるものの、おおむね以下のような費用が想定されます。

①人件費

事務員やナースなどを雇用する必要が生じる場合、それらの従業員に対して支給する給与は事業遂行上不可避的に発生するものですので、「人件費」として必要経費に計上することが可能です。

ただし、クリニック等の経営を親族に手伝ってもらいその親族等に給与を支給した場合は、一定の要件を満たしていない限りその給与は必要経費とすることはできません。親族に支給した給与を必要経費として扱うためには、青色申告をしていること、事前に「青色事業専従者給与に関する届出書」をその年の3月15日までに提出するなど、事前の準備が必要です。すなわち、臨時で親族等に給与を支給した場合には、必要経費として計上することはできないため、注意が必要となります。

②地代家賃

クリニック等を賃借した建物などで営む場合、その家賃等は「地代家賃」として必要経費に計上することが可能です。

③減価償却費・賃借料

各種検査機器など高額な設備を購入した場合は、購入した年度にその購入費がすべて必要経費になるわけではありません。購入した設備が何年間使えるか(耐用年数といいます)を把握し、その購入費を耐用年数の期間にわたり按分(減価償却といいます)して各年度の必要経費に計上していくこととなります。年度の途中で購入した場合は、購入した日からその年の12月までの期間に対応する部分のみをその年の減価償却費として計上します。

また、購入せずにリースを利用するというケースもあるかと思いますが、こちらのリース料も必要経費に計上することができます。なお、リースの種類によっては賃借ではなく購入とみなされ、必ずしも「支払ったリース料=必要経費の額」とはならないなど処理が複雑になるため、リース契約の際には事前に顧問税理士等にそのことを伝えておくのが良いでしょう。

④研修費

医師として活動する以上、学会や研修への参加が必要となる場面も生じます。それら研修等に係る費用に関しても、必要経費に計上することができます。

⑤図書費

医学書等の書籍や、新聞等を購入した際は「新聞図書費」として必要経費に計上することができます。

⑥薬剤費・医療器具費・消耗品費

個人でクリニック等を経営する場合、日々の診療で使用する薬剤や注射器などの医療器具、その他事務作業を行う上での消耗品が必要となります。それら消耗品等に係る経費も、「消耗品費」として必要経費に計上することが可能です。

⑦税理士等への報酬・支払手数料

医師の方々の中には、税理士や弁護士などの専門家と契約していらっしゃる方も少なくありません。それら専門家へ支払っている報酬については確定申告において必要経費に算入することができます。また、その他さまざまな活動に関連する業務を委託した人に対する手数料、銀行関係の手数料なども必要経費となります。

人件費 事務員やナースなどを雇用した場合、それらの従業員に対して支給する給与は「人件費」として必要経費に計上することが可能。
※ クリニック等の経営を親族に手伝ってもらいその親族等に給与を支給した場合は、一定の要件を満たしていない限りその給与は必要経費とすることはできません。
地代家賃 クリニック等を賃借した建物などで営む場合の家賃等は必要経費に計上することが可能。
減価償却費・賃借料 各種検査機器など高額な設備を購入した場合は、その購入費を耐用年数の期間にわたり減価償却して各年度の必要経費に計上していくことが可能。
また、購入せずにリースを利用した場合、リース料も必要経費に計上することが可能。
研修費 学会や研修への参加に係る費用に関しても必要経費に計上することが可能。
図書費 医学書等の書籍や、新聞等を購入した際は「新聞図書費」として必要経費に計上することが可能。
薬剤費・医療器具費・消耗品費 日々の診療で使用する薬剤や注射器などの医療器具、その他事務作業を行う上での消耗品等に係る経費も必要経費に計上することが可能。
税理等への報酬・支払手数料 税理士や弁護士などの専門家へ支払っている報酬については確定申告において必要経費に算入することが可能。また、その他さまざまな活動に関連する業務を委託した人に対する手数料、銀行関係の手数料なども必要経費に計上可能。

(2)事業所得者である勤務医の場合

業務委託契約により病院に勤務する場合、分野や勤める病院の数などにより若干項目は変わってくるものの、おおむね以下のような費用が想定されます。

①旅費交通費

業務委託契約を結んで病院等に勤める場合、職場に向かうための車両費や電車賃などを自己負担している場合には、その負担分は「旅費交通費」として必要経費に計上することができます。

②会議費・接待交際費

医師同士の親睦を深めるために食事をしたり、症例の情報交換等を学会以外で行う場合もあるかと思います。その際に支出する飲食費等が、業務との明確な関連性が示せるものである場合、必要経費に計上することができます。

③研修費

上記開業医の場合と同様、事業所得者である勤務医についても、学会への参加費や研修への参加費は必要経費として計上することができます。

④図書費

上記開業医の場合と同様、事業所得者である勤務医についても、医学書等の購入費は「新聞図書費」として必要経費に計上することができます。

⑤税理士等への報酬・支払手数料

上記開業医の場合と同様、税理士等への専門家に対する顧問料等は必要経費に計上することができます。

旅費交通費 業務委託契約を結んで病院等に勤める場合、職場に向かうための車両費や電車賃などを自己負担している場合には、その負担分は「旅費交通費」として必要経費に計上することが可能。
会議費・接待交際費 医師同士の親睦を深めるために食事をしたり、症例の情報交換等を学会以外で行う場合に支出する飲食費等が、業務との明確な関連性が示せるものである場合は必要経費に計上することが可能。
研修費 学会への参加費や研修への参加費は必要経費として計上することが可能。
図書費 医学書等の購入費は「新聞図書費」として必要経費に計上することが可能。
税理士等への報酬・支払手数料 税理士等への専門家に対する顧問料等は必要経費に計上することが可能。

もちろん、上記以外の費用であっても事業との明確な関連性が示せるものであれば、必要経費に含めることは可能です。医療に関する専門的な知識があまり多くない税務署職員が一見不審に思うような項目に関しては、税理士に相談しながら必要経費に含められるか否かを慎重に検討していく必要があろうかと思います。そのためには、支出した際の領収書等を保管しておき、申告の際に提出する準備を整えておくことが重要となります。事業との関連性がある資料は漏れなく保管しておくことを徹底するべきであるといえるでしょう。

ここまで、事業所得がある医師の必要経費について述べさせていただきました。
一方、給与所得がある医師についてはどうでしょうか。

給与所得については、必要経費という概念がありません。ある支出についてその収入の獲得に関連した費用であると明確な説明ができる場合であっても、それが必要経費となることはないのです。事業所得と給与所得の両方があるケースにおいては、給与所得に関連して支出した費用を事業所得における必要経費として取り扱うこともできません。

その代わり給与所得の申告上、「給与所得控除」という制度を使って収入から一定額を控除することとなります。給与所得控除額の計算は、給与の額から算出し、下限が65万円、上限が220万円と定められています。また、二か所から給与を受ける場合、その合計額を基礎として計算します。

とはいえ給与所得者の勤務医についても、業務委託の勤務医や開業医と同様に、学会に参加するための交通費、宿泊費、その他参加費や医学書の購入費など、不可避的に発生する高額な費用はつきものです。病院側が負担してくれるような場合であれば良いものの、自己負担となれば納税者の負担は大きくなり、給与所得控除だけではその負担を十分に軽減できません。

このように、事業遂行上必要であると認められる費用で一定の条件を満たすものについて、その分の税負担を軽減する「給与所得者の特定支出控除」という制度が設けられています。

4.特定支出控除

上記のとおり、給与所得者については「給与所得者の特定支出控除」という制度が設けられています。給与所得者の支出したものすべてについて控除を認めるわけではなく、その支出について一定の要件を満たしている必要があります。
この制度の対象となる支出については、以下のように定められています。

(1)通勤費

通勤にかかる電車賃や、自動車のガソリン代、高速道路料金等が該当します。飛行機の利用に係るものや、特別車両料金等(グリーン車などの料金)は特定支出の通勤費として認められません。年をまたがる期間の定期券または回数券については、申告年度内に対応する部分または申告年度中に実際に使用した部分に対応する金額を特定支出として扱います。

(2)転居費

転任により転居をする場合の引越し費用、転居先への移動に係るガソリン代や高速道路料金あるいは電車賃、飛行機代、宿泊費などが該当します。特別車両料金等や、飛行機のファーストクラス等の料金は特定支出の転居費として認められません。また、家具等の運送に係る保険料等は転居費に含められますが、壁の塗り替えや畳替えのための費用は転居費として認められません。

(3)研修費

講演会、研修への参加費及び参加のために要した交通費等が該当します。医師は各自診療した症例や研究の成果を学会で発表することが多いかと思います。そういった学会への参加に要した費用も、この研修費に該当することとなります。

(4)資格取得費

認定医や専門医の受験料、更新料が該当します。また、通常の医療行為に付随して介護福祉士等の資格を取得する必要が生じた場合などにおいて、その受講料等も対象となります。

(5)帰宅旅費

遠方の病院等への転勤に伴い、単身赴任をする必要が生じた場合において、赴任先から他の家族の暮らす自宅に帰省する費用が該当します。特別車両料金等、飛行機のファーストクラス等の料金は特定支出の帰宅旅費として認められません。

(6)図書費

医学書や新聞など、職務に関連する書物の購入費が該当します。電子書籍についても特定支出である図書費として認められます。

(7)衣服費

白衣など、業務遂行上不可欠な衣類の購入費が該当します。

(8)交際費等

医局の親睦会や、同業者、他業者との交流会などの参加費や、他の医師等を接待した場合に、そのために要した参加費や食費、交通費等が該当します。給与を支給する病院等とその交際・接待の相手方とに業務上関係があること、取引関係の円滑化を図るためのものであることなど、一定の条件をクリアしている必要があります。

※(6)~(8)については、その支出額の合計額が65万円を超える場合、65万円までの支出に限られます。

これらに該当しないものについては、特定支出控除の適用の対象とはならないため、注意が必要です。
さらに特定支出控除を利用して申告するためには、給与を支払う病院等からこれらの費用について業務の遂行に直接必要なものであると証明してもらう必要があります。旅費交通費、転居費、帰宅旅費に関しては、その経路が最も経済的かつ合理的であるという点についても証明してもらう必要があります。
また、「帰宅旅費」に関して、公共の交通機関を使用した場合は、当該交通機関に「搭乗・乗車・乗船に関する証明書」を発行してもらう必要も生じるため、赴任先からの帰宅の際にはあらかじめこの証明書と、証明を依頼する旨の書類を用意しておく必要があります。

申告の際は、これら特定支出の合計額とその年の給与所得控除額の1/2相当額を比較し、当該1/2相当額を超える部分について所得控除が認められることとなります。なおこれらの支出について、病院等から一部が補助される場合はその補助額は特定支出に含まれず、申告者が実際に負担した額のみを特定支出とします。申告書には、特定支出控除の適用を受ける旨、特定支出の額の合計額を記載し、特定支出の明細書、給与等の支払者の証明書および実際に支出した際の領収書等を添付します。

5.医師が確定申告を行う場合の手順

以下では、医師の方々が確定申告を行う際の一般的な手順についてご紹介させていただきます。納付までの一連の作業を3月15日までに完了する必要があるため、前もって準備を整えておくことが大切です。

(1)確定申告のための申告用紙を入手する

最初に最寄りの税務署または国税庁ホームぺージから確定申告書の用紙を入手することからスタートします。いろいろな用紙があってわかりづらいですが、簡単に紹介しますと以下のような種類となります。

・確定申告書A

主に給与所得者や年金所得者のための確定申告書です。

⇒勤務医として病院から給与の支給を受けている医師の方はこの確定申告書Aを利用する場合があります。なお、給与所得がある場合であっても、他の病院等で業務委託を受けている場合や土地などの譲渡があった場合などについては、確定申告書Bを利用することとなります。

・確定申告書B

主に個人事業者や分離課税対象の所得がある人のための確定申告書です。

⇒開業医としてクリニック等の経営を行っている場合や、業務委託により医療行為を行っている場合などは、この確定申告書Bを利用することとなります。

・分離課税用(確定申告書Bとセットで使用)

土地建物等・株式等を譲渡した場合の所得(譲渡所得)や退職所得がある人のための確定申告書です。

⇒医師の方で上記の所得がある場合にはこれも入手する必要があります。

・損失申告用(確定申告書Bとセットで使用)

所得金額が赤字になる人のための確定申告書です。

⇒一か所の病院等から給与の支給を受け、他の病院で業務委託報酬を受けるというようなケースにおいて、業務委託に係る損益がマイナスとなる場合、損益通算を行うことでその赤字部分を給与所得に充当することができる場合があります。

(2)確定申告書を作成するための必要情報・必要書類を集める

医師の方が確定申告を行うために必要となる情報や書類は、ケースバイケースなので一概には言えませんが、例えば以下のような書類が必要となります。

◎病院等からの支払調書又は源泉徴収票(勤務医・業務委託の勤務医の場合)

※ 事業所得の場合は「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」、給与所得の場合は「給与所得の源泉徴収票」が病院等から発行されます。
※ 医師の方が講演会などを依頼されて受領した報酬についても支払調書を受け取ることとなりますが、こちらも申告が必要です。

◎レジ等の窓口収入の記録や、帳簿など(開業医の場合)

※ 開業医の場合、自由診療と、保険診療の患者負担分については窓口で患者から支払いを受けることとなるため、その際のレジ等の記録等から収入金額を把握することとなります。

◎収入の入金や、必要経費の出金が確認できる通帳(開業医・業務委託の勤務医の場合)

※ プライベート用口座と事業用口座は、分けた方が管理が楽になります。
※ 開業医の場合、上記の窓口収入と、各支払機関から受ける収入の合計額を売上として認識していくこととなります。

◎必要経費の領収書や請求書等

※ 家賃や車両費、携帯電話料金など、プライベート部分と事業部分とを完全に分けることが難しく、100%を必要経費にしづらいものについては、経費算入した割合についての説明も必要となります。

◎各種控除のための証明書類(生命保険料控除証明書等)

これらの情報・書類を集めたうえで、そのすべてをエクセル等のデータにまとめる必要があります。医師の方々の中には仕事が一段落するシーズンがないという方も少なくありませんので、この必要書類を集めてまとめる作業が特に負担となります。もちろん、書類ごと税理士に渡して確定申告をお願いするという医師の方も多いかと思いますが、ご自身で行う場合はご家族やご友人などの協力が不可欠かもしれません。

(3)確定申告書を作成する

必要書類が集まりましたら確定申告書を作成していきます。確定申告書は提出用と控え用の2部を作成する必要があり、提出の際には様々な明細を添付する必要があります。控え用の確定申告書は融資を受けようとする場合やお子様の奨学金などの申請をする場合に提出が求められるケースがあります。また、翌年以降確定申告書を作成するうえでの参考にもなります。税務署で確定申告用紙を入手した場合は複写式になっているため記入は一回で済みますが、国税庁のホームぺージから入手した場合は二部印刷し、二回記載する必要が生じます。

確定申告には「白色申告」と「青色申告」の二種類があり、それぞれ提出するべきものが異なってきます。
白色申告はいくつかの税制上の恩恵を受けられない代わりに簡便な経理処理での申告を認めるというもので、作業の負担が軽くなります。
青色申告は事前に所轄税務署に「所得税の青色申告承認申請書」を提出し承認を受けることでいくつかの恩恵を受けられる一方で、複式簿記による記帳が求められるなど、作業の手間が増えることとなります。

(4)作成した確定申告書を税務署に提出する

作成した確定申告書は提出時の住所地を管轄する税務署に提出することとなります。年の途中や、1月1日から申告書提出までの間で引越した場合でも、引越し後の住所を管轄する税務署に提出することとなります。その場合には、引越し前と引越し後、両方の管轄税務署に「納税地の異動に関する届出書」という書類を忘れずに提出する必要があります。

確定申告は毎年対象となる年の翌年2月16日から3月15日までの期間内に行う必要があります。なお、所得税が還付されることとなる確定申告書の場合には、1月1日から提出することが可能です。

提出方法としては、税務署に直接持参する方法のほかに、郵送で送付することも可能です。郵送する場合は控えの申告書を返送してもらうため、切手を貼った返信用封筒を同封することを忘れないようにしましょう。なお、郵送の際は消印有効ですので提出期限の最終日の消印がもらえれば期限内申告として認められます。期限後申告になりますと、無申告加算税や延滞金などのペナルティがあるので注意が必要です。

(5)所得税の納付をする、あるいは還付を受ける

所得税の納付期限は確定申告期限と同じ3月15日となっています。確定申告の結果、納付する必要がある場合においては、所得税の確定申告書を提出する際、同時に納付書に金額を記載のうえ、税務署や銀行などで納付をします。一方、還付申告の場合には確定申告書を提出してから1~2ヶ月ほどで指定口座に還付されることとなります。

なお、住民税の納付については申告した所得税確定申告書をもとに5月までに決定され6月から納付を開始することとなります。したがって、住民税の巨額な納付書が突然自宅に届くということに備えてしっかりと納税資金を確保しておく必要があります。給与所得のみの場合で確定申告をした場合は、12ヶ月に按分した金額が給与から天引きされることとなります。

6.おわりに

確定申告においては何をしたらいいのか、どんな書類を集めればいいのか、どのように書けばいいのかなど、不安になることも多いと思います。確定申告についてお困りの際はお気軽にご相談下さい。ご自身でご自身のことを客観的に見つめ確定申告を行うことはとても難しいと思います。是非、弊社の経験豊富な税理士がお手伝いをさせていただければ光栄です。


 

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